Entidade representativa das indústrias do Estado, a Fiepe foi criada no Recife, em 1939, por representantes de sete sindicatos patronais, liderados pelo empresário Joseph Turton que, à época, era presidente do Sindicato das Indústrias de Alimentação e executivo da fábrica de biscoitos Pilar.

Durante os dez primeiros anos, funcionou na sede da Associação Comercial de Pernambuco, no Bairro do Recife. Hoje, tem sede própria, na Avenida Cruz Cabugá. Sua primeira diretoria tinha como presidente Joseph Turton (que ficou no cargo entre 1939 e 1946 e seria substituído por Cid Sampaio) e os cargos de secretário e tesoureiro eram ocupados, respectivamente, por Manoel de Brito e José Paulo Alimonda.

Na década de 1940, a entidade esteve envolvida nas discussões que resultaram na criação da Comissão de Desenvolvimento de Pernambuco e na década de 1950 participou das articulações para a criação da Sudene.

Além de Turton, os outros representantes patronais que criaram a Fiepe foram os seguintes: Luiz Alimonda (sabão e velas), Luiz Dias Lins (tecidos), Manoel Vieira (calçados), A. Figueiredo Antunes (torrefação de café), Manoel de Brito (doces) e L.F. Albuquerque Melo, representante das serrarias.